В связи с проведением административной реформы, на основании приказа руководителя Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 20.12.2004 № 35 "О создании территориальных органов Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека" создано Территориальное управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Вологодской области (свидетельство о государственной регистрации от 31 декабря 2004 года за основным государственным регистрационным номером 1043500099851), сокращенное название – Управление Роспотребнадзора по Вологодской области.

Далее на основании приказа руководителя Роспотребнадзора от 21.01.2005 г. № 37 "О реорганизации территориальных органов Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека" осуществлена реорганизация в форме слияния Территориального управления Роспотребнадзора по Вологодской области и Территориального управления Госторгинспекции по Вологодской области (свидетельство о государственной регистрации от 01 марта 2005 года № 1053500015580).

Приказом Руководителя Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 16.08.2006 № 267 "Об утверждении положения об Управлении Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Вологодской области" внесены изменения в положение, а также в наименование учреждения. Полное наименование – Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Вологодской области. Сокращенное наименование - Управление Роспотребнадзора по Вологодской области.

В своей деятельности Управление руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента РФ, постановлениями и распоряжениями Правительства РФ, международными договорами РФ, актами Министерства здравоохранения и социального развития РФ, положением о Федеральной службе, актами Федеральной службы и Положением об Управлении Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Вологодской области (утверждено приказом Роспотребнадзора от 10.07.2012 № 744).

В структуру Управления Роспотребнадзора по Вологодской области входят: отдел санитарного надзора, отдел эпидемиологического надзора, отдел по надзору в сфере защиты прав потребителей, отдел организации и обеспечения деятельности, отдел правового обеспечения, государственной службы и кадров, отдел бухгалтерского учета и отчетности, а также пять территориальных отделов, осуществляющих функции по контролю и надзору на административных территориях.