Для предотвращения стремительного распространения пандемии COVID-19 важна быстрая и точная диагностика инфекции. В начале диагностического пути инфекция была не изучена, не было данных о патогенности вируса, способах борьбы, распространении в популяции.

В 2020 - 2021 годы деятельность ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Вологодской области» (ЦГиЭ) была направлена на эпидемиологическую ситуацию по новой коронавирусной инфекции.

Лаборатория особо опасных и вирусных инфекций (ЛООВИ), одно из структурных подразделений испытательного лабораторного центра ЦГиЭ, являлась опорной и референсной базой по лабораторной диагностике новой коронавирусной инфекции (COVID-19) на территории региона.

В период осложнения эпидемической ситуации в мире и в Российской Федерации по новой коронавирусной инфекции Центром с 27.01.2020 г. была начата работа по выявлению и регистрации случаев заболевания. Мероприятия по недопущению завоза и распространения новой коронавирусной инфекции на территории Вологодской области были организованы в соответствии с Постановлениями Правительства и Главного государственного санитарного врача Российской Федерации. Согласно данным документам – лица, прибывшие из КНР и зарубежных стран в январе и феврале 2020 года, направлялись для диагностики в ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора. В референс-центр было направлено 211 проб от 58 лиц для диагностики и углубленного изучения вируса. Пробы направлялись с нарочными, для сопровождения посылок с патогенными биологическими агентами, было совершено 11 полетов в г. Новосибирск.

С февраля по апрель 2020 года все положительные находки, выявленные в ЛООВИ, для подтверждения направляли во ФКУЗ «Противочумный Центр» Роспотребнадзора, г. Москва. Всего было сформировано 14 посылок с нарочным, направлено 138 проб от 67 лиц, из них подтвердилось 97,1%.

На 31.12.2021 года лабораторией проведено 217 585 исследований методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). На начальных этапах обследовались преимущественно лица, прибывшие из-за рубежа и с внебольничными пневмониями, далее – в большей степени контактные лица и секционный материал. В оперативном режиме велась работа с лечебно-профилактическими учреждениями (ЛПУ), исследования выполнялись в течение 24-48 часов, далее результаты сообщались в ЛПУ для принятия решений об обсервации пациентов или перевода пациентов в «красную зону» для проведения дальнейшего лечения. Специалистами ЦГиЭ, в том числе и лаборатории, в оперативном режиме проводились консультации для клинических специалистов по вопросам лабораторной диагностики и возможной интерпретации результатов.

Для определения границ инфекционных очагов и выявления контактных лиц совместно со специалистами эпидемиологического отдела в кратчайшие сроки в адрес Управления Роспотребнадзора по Вологодской области и Департамента здравоохранения Вологодской области направлялась информация о выявлении возбудителя COVID-19 (как от больных, так и от контактных лиц).

Первая положительная находка от «нулевого» пациента, была констатирована 27.03.2020 г., на территории г. Череповца. Для предотвращения быстрого распространения инфекции в оперативном режиме по контакту от первого заболевшего, было двукратно обследовано 369 контактных, находящихся на туристической базе п. Торово.

По мере выхода и актуализации методических документов по новой коронавирусной инфекции, на базе Центра регулярно организовывались семинары, вебинары, инструктажи по отбору проб и диагностике COVID-19, работе с микроорганизмами II группы патогенности. Обучено более 100 сотрудников лечебной службы области, включая эпидемиологов, инфекционистов и лабораторного звена. Записаны обучающие видеоролики о порядке надевания и снятия противочумного костюма, технике взятия мазков, пробоподготовке биологического материала с подозрением на COVID-19 и проведения исследований методом ПЦР.

Специалистами Центра были разработаны унифицированные формы направлений и установлен строгий контроль их соблюдения для налаживания потоков обследования контингентов и предотвращения бесконтрольного поступления нецелевых проб.

В связи со спецификой работы с биологическим материалом на различные инфекции в лаборатории ООВИ велась рукописная регистрация проб от людей, поступающих из ЛПУ области. С учетом прогрессивно нарастающих объемов проб по диагностике COVID-19 требовалась организация электронной базы данных для оперативной выгрузки результатов исследований, необходимых эпидемиологам и ЛПУ, а также ежедневного анализа.

В апреле 2020 специалистами Центра адаптированы и внедрены в деятельность программные продукты по диагностике, регистрации и учету COVID-19 с учетом современных требований к автоматизации рабочих процессов. Появление системы программной регистрации результатов, формирования отчетов значительно ускорило и упростило рабочий процесс, автоматизировало выдачу протоколов испытаний через систему БУЗ Вологодской области «Медицинский информационно-аналитический центр» (МИАЦ) в лечебно-профилактические учреждения и на портал «Госуслуги» (ЕПГУ). Благодаря разработке системы сотрудники эпидемиологического отдела получили возможность оформлять эпидемиологические карты на заболевших в электронном виде.

С увеличением количества заболевших на территории Вологодской области лабораторную диагностику новой коронавирусной инфекции (COVID-19) было разрешено проводить диагностическим лабораториям, имеющим лицензию на работу с ПБА III-IV групп патогенности, с дальнейшим подтверждением на базе ЛООВИ ЦГиЭ: в г. Вологде – БУЗ ВО «Городская поликлиника № 1» и Центру лабораторной диагностики «Целди», в г. Череповце – БУЗ ВО «Медсанчасть Северсталь», в г. Великий Устюг – Великоустюгской Центральной районной больнице, а позднее присоединились и другие лаборатории.

Работа в диагностических лабораториях разворачивалась с минимальных мощностей ПЦР-групп ( для БУЗ ВО «Городская поликлиника № 1» – 1300 проб в сутки, для БУЗ ВО «Медсанчасть Северсталь» –1185 проб в сутки). В настоящее время мощности ключевых лабораторий ЛПУ увеличилась до 3000 проб в сутки по каждой медицинской организации. Для выполнения диагностических исследований было закуплено 5 амплификаторов, 4 станции автоматического выделения нуклеиновых кислот, в периоды наибольшего объема проб для организации посменной круглосуточной работы привлекались сотрудники других лабораторий ЛПУ.

Для выявления COVID-19 в работе лаборатории использовались отечественные тест-системы: «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG», «АмплиСенс-Cov-Bat-FL», «COVID-2019 Amp» и другие.

До 28.09.2020 г. лаборатория ООВИ ЦГиЭ являлась региональным референс-центром по COVID-19 на территории Вологодской области. В данный период для ретестирования из ведомственных было получено 4488 проб, из них 2687 было подтверждено, что составило 60%.

С 28.09.2020 г. все лаборатории области, участвующие в диагностике COVID-19, работают без подтверждения результатов, выдавая окончательный результат без ретестирования. Лаборатория Центра по настоящее время курирует проведение исследований в медицинских учреждениях, оказывает методическую помощь, организует сличительные испытания, выборочное ретестирование проб согласно санитарным правилам по профилактике новой коронавирусной инфекции. Также специалисты лаборатории участвуют в качестве экспертов в регулярной оценке деятельности данных лабораторий, оценивая их деятельность согласно методическим письмам и чек-листам. Учреждением регулярно проводится контроль отсутствия контаминации в лабораториях с исследованиями смывов на РНК возбудителя COVID-19 с поверхностей.

В течение всего периода распространения новой коронавирусной инфекции ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Вологодской области» является куратором по обеспечению диагностическими наборами ЛПУ для проведения диагностики на COVID-19. За 2020-2021 год на безвозмездной основе было передано: 237 тест-систем «Вектор – ПЦРрв» на 100 исследований каждая, ПЦР тест-системы производства НИИ Пастера 5993 набора на 599 300 определений. Также для экспресс-диагностики распределялись иммунохроматографические тесты производства ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии», в объеме на 1720 определений, 86 наборов и экспресс-тесты, распределенные по Постановлению Правительства РФ, в объеме 39 120 определений.

В целях оценки коллективного иммунитета к новой коронавирусной инфекции у населения Вологодской области в мае 2020 года в практику лаборатории внедрена ИФА диагностика по выявлению антител к COVID-19 и класса иммуноглобулинов (Ig M и Ig G) с использованием наборов реагентов «SARS-CoV-2-IgG-ИФА-Бест» и «SARS-CoV-2-IgM-ИФА-Бест». Серологическое исследование проводятся с учетом протокола, рекомендованного Всемирной организацией здравоохранения. На данный момент методом ИФА обследовано 3105 пациентов разных возрастных групп, с наличием антител – 1694 человек. Данная работа продолжается.

В период пандемии нам была представлена возможность по апробированию и сравнительной характеристики разрабатываемых тест-систем ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора. В период с августа по ноябрь 2020 года производителем были направлены тест-системы «ИФА анти - SARS-CoV-2-IgG» и «экспресс тест ИХТ анти - SARS-CoV-2-IgG», была сформирована экспериментальная группа для мониторинга, состоящая из 50 медицинских работников, работающих в моногоспиталях Вологодской области, которые перенесли заболевание новой коронавирусной инфекцией с февраля по июнь 2020 года.

Самый высокий титр АТ наблюдался на 3 и 4 месяцы после перенесенного заболевания у 56% исследуемых. Медицинский персонал, работающий в «красной зоне» моногоспиталей Вологодской области, на протяжении 9-10 месяцев от перенесенного заболевания имел защитный титр АТ IgG.

В настоящее время лаборатория ООВИ ЦГиЭ участвует в проекте по изучению иммунитета у лиц, привитых вакциной «ЭпиВакКорона», на 31.12.2021 было обследовано 6570 лиц, данная работа продолжается.

Также Центр принимает участие в изучении распространенности возбудителей COVID-19, ОРВИ и гриппа среди здоровых лиц, исследовано 2205 образцов (184 положительных носителей вирусов различной этиологии-8,3%).

С 2021 года проводится генетический мониторинг циркуляции возбудителя COVID-19 на территории Вологодской области. Согласно методическим рекомендациям для секвенирования и выявления циркулирующих штаммов SARS-CoV-2 на территории области пробы направляются в Федеральное бюджетное учреждение науки «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» Роспотребнадзора.

За период с начала 2021 года по 31.12.2021 лабораторией особо опасных и вирусных инфекций в ФБУН «Санкт-Петербургский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Роспотребнадзора» (приказ Роспотребнадзора №56 от 19.02.2021 г.) направлен материал от 1006 лиц для полногеномного и фрагментарного секвенирования, в 713 (71%) образцах установлена принадлежность к высоковирулентным штаммам: 8 к британскому геноварианту (1,2%); 3 к северо-западному (0,5%); 702 к индийскому (98,3%). В 2022 году направлено 5583 образца, в 60,9% (3401 пробы) выявлен штамм Омикрон.

В 2022 году в деятельность Лаборатории внедрена методика определения геноварианта SARS – CoV – 2 «Омикрон» методом ПЦР-РВ, позволяющая проводить скрининговые исследования циркулирующих геновариантов, выявлять и дифференцировать геноварианты «Дельта» и «Омикрон». В настоящее время ведется контроль и скрининг циркулирующих в регионе штаммов COVID-19.

В ЦГиЭ действует постоянная система готовности к работе в условиях ЧС, согласно Комплексному плану профилактических и противоэпидемических мероприятий от заноса и распространения карантинных и других особо опасных инфекционных болезней. Но для обеспечения налаженной работы в начале развивающейся пандемии, в 2020 году, в связи с непредвиденно большим объемом поступающих проб потребовались дополнительные меры по усилению и укреплению лабораторной базы.

В начале диагностического пути мощность ПЦР-группы лаборатории составляла порядка 400 проб в сутки, на данный момент фактическая суточная мощность составляет 1080 образцов.

Увеличение мощностей и укрепление лабораторной базы Центра было реализовано за счет: усиления кадрового состава, путем обучения специалистов смежных лабораторных подразделений и филиалов, перевооружения и закупки нового ПЦР-оборудования, перехода на электронную регистрацию проб и внедрения программного продукта, интегрирующего работу лаборатории и эпидемиологических структур не только ЦГиЭ, но и всех лечебно-профилактических учреждений Вологодской области.

В целях оптимизации работы лаборатории и увеличения пропускной способности была организована посменная круглосуточная работа со строгим соблюдением принципов биологической безопасности и системы менеджмента качества. За короткий период времени в соответствии с нормативно-методическими документами на рабочих местах было обучено 16 специалистов филиалов и областного учреждения, в том числе 10 специалистов – непосредственно этапам диагностики методом ПЦР в соответствии с нормативно-методическими документами МР 3.1.0169-20 «Лабораторная диагностика COVID-19». Для регистрации проб в период нарастающих объемов исследований организованы удаленные рабочие места для регистрации проб. Обеспечением деятельности лаборатории в общей сложности в разные периоды развития пандемии занималось 82 сотрудника различных структур Центра, в том числе специалисты филиалов.

C целью укрепления материально-технической базы и увеличения мощностей Лаборатории в период пандемии была закуплена 41 единица оборудования.

Приобретение нового оборудования, перевооружение существующего во многом способствовало увеличению производительности работы лаборатории, а также оптимизировало работу по диагностике на различные нозологии, в период сезонных подъемов заболеваемости (клещевой сезон, ОРВИ, ОКИ и другие) и постоянно сохраняющейся нагрузкой по диагностике COVID 19.

За время работы в условиях пандемии и взаимодействуя со специалистами оперативных структур Учреждения, были разработаны и отработаны алгоритмы обследования граждан в течение 24 часов: от момента доставки мазка в лабораторию, проведения испытаний, присвоения QR- кода, отправки информации на портал «Госуслуг» и отправки материала на секвенирование в научно-исследовательские институты.

Опыт 2020 – 2021 гг. потребовал не только огромного вложения человеческих и материальных ресурсов, но и дал огромный скачок в развитии лабораторного звена Центра. Расширена оперативная группа по индикации ПБА различными методами на новом современном оборудовании, обучено большое число специалистов микробиологических лабораторий для проведения диагностики инфекционных болезней на опорной базе лаборатории особо опасных и вирусных инфекций в условиях ЧС.

За вклад в борьбу с новой коронавирусной инфекцией (COVID-19) специалисты ЦГиЭ были удостоены высших наград Россий Федерации и Вологодской области: «Орденом Пирогова» и медалью «За заслуги перед Вологодской областью».